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Comment installer OpenMRS (Open Medical Record System) sur Debian 11

Sur cette page

  1. Prérequis
  2. Installer Java 8
  3. Installer le serveur MySQL 5.6
  4. Installer Tomcat 7
  5. Créer un fichier de service Systemd pour Tomcat
  6. Installer OpenMRS
  7. Accéder à l'assistant d'installation d'OpenMRS
  8. Conclusion

OpenMRS signifie \Open Medical Record System\, est un système de stockage et de récupération de dossiers médicaux électroniques (EMR) gratuit, open-source et efficace. Il est utilisé pour traiter des millions de patients atteints du VIH/sida et de la tuberculose (TB) dans les pays en développement. Son objectif principal est de développer des logiciels pour la prestation de soins de santé dans les pays en développement. Il permet l'échange des données des patients avec d'autres systèmes d'information médicale. Il est écrit en Java et fournit un tableau de bord Web convivial pour la gestion des dossiers médicaux électroniques via le navigateur Web.

Dans cet article, nous vous montrerons comment installer OpenMRS Medical Record System sur Debian 11.

Conditions préalables

  • Un serveur exécutant Debian 11.
  • Un mot de passe root est configuré sur le serveur.

Installer Java 8

OpenMRS est une application basée sur Java et ne prend en charge que la version 8 de Java. Vous devrez donc installer Java 8 sur votre serveur. Par défaut, Java 8 n'est pas inclus dans le référentiel par défaut de Debian 11. Vous devrez donc le télécharger et l'installer à partir de leur site officiel.

Commencez par créer un répertoire pour Java à l'aide de la commande suivante :

mkdir -p /usr/lib/jvm/

Ensuite, extrayez le fichier source Java téléchargé avec la commande suivante :

tar -zxvf jdk-8u281-linux-x64.tar.gz -C /usr/lib/jvm/

Ensuite, installez Java 8 à l'aide de la commande suivante :

update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk1.8.*/bin/java 1

Une fois Java installé, vérifiez la version de Java à l'aide de la commande suivante :

java -version

Vous obtiendrez la sortie suivante :

java version "1.8.0_281"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_281-b09)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.281-b09, mixed mode)

Installer le serveur MySQL 5.6

OpenMRS ne prend en charge que MySQL version 5.6. Par défaut, MySQL 5.6 n'est pas disponible dans le référentiel par défaut de Debian 11. Vous devrez donc l'installer à partir de la source.

Commencez par créer un utilisateur et un groupe pour MySQL à l'aide de la commande suivante :

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Ensuite, téléchargez la source MySQL 5.6 avec la commande suivante :

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Une fois le MySQL téléchargé, extrayez-le avec la commande suivante :

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Ensuite, déplacez le répertoire extrait vers /usr/local avec la commande suivante :

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Ensuite, accédez au répertoire /usr/local et définissez le propriétaire approprié avec la commande suivante :

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Ensuite, installez les dépendances requises à l'aide de la commande suivante :

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Ensuite, installez MySQL avec la commande suivante :

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Vous obtiendrez la sortie suivante :

You can start the MySQL daemon with:

  cd . ; ./bin/mysqld_safe &

You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl

  cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl

Please report any problems at http://bugs.mysql.com/

The latest information about MySQL is available on the web at

  http://www.mysql.com

Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com

New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Ensuite, définissez la propriété appropriée sur le répertoire MySQL et le répertoire de données :

chown -R root .
chown -R mysql data

Ensuite, copiez le fichier de configuration MySQL et le fichier de service :

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Ensuite, démarrez le service MySQL en mode sans échec :

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Ensuite, définissez le mot de passe root MySQL avec la commande suivante :

bin/mysqladmin -u root password newpassword

Ensuite, créez un lien symbolique du binaire mysql en utilisant la commande suivante :

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Enfin, redémarrez votre serveur avec la commande suivante :

reboot

Après le redémarrage du système, démarrez le service MySQL et activez-le pour qu'il démarre au redémarrage du système :

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Vous pouvez également vérifier l'état du service MySQL avec la commande suivante :

/etc/init.d/mysql.server status

Vous obtiendrez la sortie suivante :

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL
     Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:35:35 UTC; 5s ago
       Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
    Process: 415 ExecStart=/etc/init.d/mysql.server start (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Tasks: 22 (limit: 4679)
     Memory: 460.5M
        CPU: 826ms
     CGroup: /system.slice/mysql.server.service
             ??422 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/debian11.pid
             ??530 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/p…

Mar 25 14:35:34 debian11 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Mar 25 14:35:34 debian11 mysql.server[415]: Starting MySQL
Mar 25 14:35:35 debian11 mysql.server[415]: ..
Mar 25 14:35:35 debian11 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Installer Tomcat 7

Ensuite, vous devrez installer Tomcat pour déployer OpenMRS.

Commencez par créer un utilisateur et un groupe pour Tomcat avec la commande suivante :

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Ensuite, téléchargez le Tomcat 7 avec la commande suivante :

wget https://archive.apache.org/dist/tomcat/tomcat-7/v7.0.109/bin/apache-tomcat-7.0.109.tar.gz

Ensuite, créez un répertoire pour Tomcat et extrayez le fichier téléchargé dans le répertoire /opt/tomcat :

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-7.0.109.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Ensuite, accédez au répertoire /opt/tomcat et définissez l'autorisation et la propriété appropriées :

cd /opt/tomcat
chgrp -R tomcat /opt/tomcat
chmod -R g+r conf
chmod g+x conf
chown -R tomcat webapps/ work/ temp/ logs/

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Créer un fichier de service Systemd pour Tomcat

Ensuite, vous devrez créer un fichier de service systemd pour gérer le service Tomcat. Vous pouvez le créer avec la commande suivante :

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Ajoutez les lignes suivantes :

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Enregistrez et fermez le fichier, puis rechargez le démon systemd pour appliquer les modifications :

systemctl daemon-reload

Ensuite, démarrez le service Tomcat avec la commande suivante :

systemctl start tomcat

Vous pouvez maintenant vérifier l'état du service Tomcat avec la commande suivante :

systemctl status tomcat

Vous obtiendrez la sortie suivante :

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:38:45 UTC; 5s ago
    Process: 648 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 655 (java)
      Tasks: 28 (limit: 4679)
     Memory: 136.3M
        CPU: 4.124s
     CGroup: /system.slice/tomcat.service
             ??655 /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.logging>

Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Mar 25 14:38:45 debian11 startup.sh[648]: Tomcat started.
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

À ce stade, Tomcat est démarré et écoute sur le port 8080.

Installer OpenMRS

Tout d'abord, créez un répertoire pour OpenMRS et définissez le propriétaire approprié avec la commande suivante :

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Ensuite, téléchargez la dernière version d'OpenMRS à l'aide de la commande suivante :

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.0/openmrs.war

Une fois le téléchargement terminé, copiez le fichier téléchargé dans le répertoire des applications Web de Tomcat :

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Ensuite, changez la propriété du fichier openmrs.war en tomcat :

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Accéder à l'assistant d'installation d'OpenMRS

Maintenant, ouvrez votre navigateur Web et accédez à l'assistant d'installation Web d'OpenMRS à l'aide de l'URL http://your-server-ip:8080/openmrs. Vous devriez voir l'écran de sélection de la langue OpenMRS :

Sélectionnez votre langue et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l'écran Type d'installation.

Sélectionnez le type d'installation que vous souhaitez et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l'écran suivant :

Fournissez votre mot de passe root MySQL, notez le mot de passe administrateur et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l'écran suivant :

Cliquez sur le bouton => pour créer une base de données pour OpenMRS et terminer l'installation.

Maintenant, ouvrez votre navigateur Web et accédez à l'interface d'administration OpenMRS à l'aide de l'URL http://your-server-ip:8080/openmrs. Vous devriez voir l'écran de connexion OpenMRS :

Indiquez le nom d'utilisateur par défaut comme admin et le mot de passe comme Admin123, puis cliquez sur le bouton CONNEXION. Vous devriez voir le tableau de bord OpenMRS sur l'écran suivant :

Conclusion

Toutes nos félicitations! vous avez installé avec succès OpenMRS sur Debian 11. Vous pouvez maintenant facilement stocker et gérer des dossiers médicaux électroniques via un navigateur Web. N'hésitez pas à me demander si vous avez des questions.

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