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Comment installer OpenMRS sur Ubuntu 22.04

OpenMRS est un système efficace de stockage et de récupération de dossiers médicaux électroniques (DME) publié sous forme de logiciel open source. Il contribue à fournir des soins de santé dans les pays en développement pour traiter des millions de patients atteints du VIH/SIDA et de la tuberculose (TB). Il repose sur les principes d’ouverture à l’échange de données sur les patients avec d’autres systèmes d’information médicale. Vous pouvez gérer tous les dossiers médicaux électroniques via l'interface Web OpenMRS.

Ce tutoriel expliquera comment installer le logiciel OpenMRS sur Ubuntu 22.04.

Conditions préalables

  • Un serveur exécutant Ubuntu 22.04.
  • Un mot de passe root est configuré sur le serveur.

Installer OpenJDK 8

OpenMRS est une application basée sur Java et ne prend en charge que la version Java 8. Vous devrez donc installer Java 8 sur votre serveur. Vous pouvez l'installer à l'aide de la commande suivante.

apt install openjdk-8-jdk

Ensuite, vérifiez la version Java à l'aide de la commande suivante :

java -version

Vous obtiendrez le résultat suivant :

openjdk version "1.8.0_352"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_352-8u352-ga-1~22.04-b08)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.352-b08, mixed mode)

À ce stade, Java 8 est installé sur votre serveur. Vous pouvez maintenant procéder à l'installation du serveur MySQL.

Installer le serveur MySQL 5.6

Maintenant, vous devrez installer la version 5.6 du serveur MySQL sur votre serveur. Parce qu'OpenMRS ne prend en charge que MySQL version 5.6. Par défaut, MySQL 5.6 n'est pas disponible dans le référentiel par défaut d'Ubuntu 22.04. Vous devrez donc l'installer à partir de la source.

Tout d'abord, créez un utilisateur et un groupe pour MySQL à l'aide de la commande suivante :

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Ensuite, téléchargez la source MySQL 5.6 depuis leur site officiel à l'aide de la commande suivante :

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Ensuite, extrayez le fichier téléchargé avec la commande suivante :

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Ensuite, déplacez le répertoire extrait vers /usr/local avec la commande suivante :

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Ensuite, remplacez le répertoire par le répertoire /usr/local/mysql et définissez la propriété appropriée avec la commande suivante :

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Ensuite, installez les dépendances requises à l'aide de la commande suivante :

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Ensuite, exécutez le script suivant pour installer le serveur MySQL :

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Vous obtiendrez le résultat suivant :

You can start the MySQL daemon with:

  cd . ; ./bin/mysqld_safe &

You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl

  cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl

Please report any problems at http://bugs.mysql.com/

The latest information about MySQL is available on the web at

  http://www.mysql.com

Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com

New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Ensuite, définissez la propriété appropriée sur MySQL et le répertoire de données :

chown -R root .
chown -R mysql data

Ensuite, copiez le fichier de configuration MySQL et le fichier de service à l'emplacement approprié :

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Ensuite, démarrez le service MySQL en mode sans échec :

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Ensuite, définissez le mot de passe root MySQL avec la commande suivante :

bin/mysqladmin -u root password secure-password

Ensuite, créez un lien symbolique du binaire MySQL à l'aide de la commande suivante :

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Enfin, redémarrez votre serveur avec la commande suivante :

reboot

Après le redémarrage du système, démarrez le service MySQL et activez-le au redémarrage du système :

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Vous pouvez maintenant vérifier l'état du service MySQL avec la commande suivante :

/etc/init.d/mysql.server status

Vous obtiendrez le résultat suivant :

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL
     Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated)
     Active: active (running) since Tue 2022-12-13 04:08:18 UTC; 15s ago
       Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
      Tasks: 22 (limit: 2238)
     Memory: 455.3M
        CPU: 329ms
     CGroup: /system.slice/mysql.server.service
             ??1120 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/ubuntu2204.pid
             ??1228 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/…

Dec 13 04:08:17 ubuntu2204 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Dec 13 04:08:17 ubuntu2204 mysql.server[1112]: Starting MySQL
Dec 13 04:08:18 ubuntu2204 mysql.server[1112]: . *
Dec 13 04:08:18 ubuntu2204 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Installer Tomcat 8

Ensuite, vous devrez installer Tomcat 8 pour déployer OpenMRS.

Tout d'abord, créez un utilisateur et un groupe pour Tomcat avec la commande suivante :

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Ensuite, téléchargez Tomcat 8 depuis leur site officiel à l'aide de la commande suivante :

wget https://dlcdn.apache.org/tomcat/tomcat-8/v8.5.84/bin/apache-tomcat-8.5.84.tar.gz

Ensuite, créez un répertoire pour Tomcat et extrayez le fichier téléchargé dans le répertoire /opt/tomcat :

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-8.5.84.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Ensuite, définissez la propriété appropriée sur le répertoire /opt/tomcat :

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Créer un fichier de service Systemd pour Tomcat

Ensuite, vous devrez créer un fichier de service systemd pour gérer le service Tomcat. Vous pouvez le créer avec la commande suivante :

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Ajoutez les lignes suivantes :

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Enregistrez et fermez le fichier puis rechargez le démon systemd pour appliquer les modifications :

systemctl daemon-reload

Ensuite, démarrez le service Tomcat avec la commande suivante :

systemctl start tomcat

Vous pouvez maintenant vérifier l'état du service Tomcat avec la commande suivante :

systemctl status tomcat

Vous obtiendrez le résultat suivant :

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Tue 2022-12-13 04:11:30 UTC; 7s ago
    Process: 1394 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 1401 (java)
      Tasks: 28 (limit: 2238)
     Memory: 97.0M
        CPU: 2.192s
     CGroup: /system.slice/tomcat.service
             ??1401 /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-amd64//bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djav>

Dec 13 04:11:30 ubuntu2204 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Dec 13 04:11:30 ubuntu2204 startup.sh[1394]: Tomcat started.
Dec 13 04:11:30 ubuntu2204 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

À ce stade, Tomcat est démarré et écoute sur le port 8080. Vous pouvez maintenant passer à l'étape suivante.

Installez OpenMRS Ubuntu 22.04

Tout d'abord, créez un répertoire pour OpenMRS et définissez la propriété appropriée avec la commande suivante :

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Ensuite, téléchargez la dernière version d'OpenMRS à l'aide de la commande suivante :

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.7/openmrs.war

Une fois le téléchargement terminé, copiez le fichier téléchargé dans le répertoire des webapps Tomcat :

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Ensuite, changez la propriété du fichier openmrs.war en tomcat :

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Une fois que vous avez terminé, vous pouvez passer à l'étape suivante.

Effectuer l'installation d'OpenMRS via un navigateur Web

Maintenant, ouvrez votre navigateur Web et accédez à l'assistant d'installation Web d'OpenMRS en utilisant l'URL http://your-server-ip:8080/openmrs. Vous devriez voir l'écran de sélection de la langue d'OpenMRS :

Sélectionnez votre langue et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l’écran Type d’installation.

Sélectionnez le type d'installation souhaité et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l'écran suivant :

Fournissez votre mot de passe root MySQL, notez le mot de passe administrateur et cliquez sur le bouton =>. Vous devriez voir l'écran suivant :

Cliquez sur le bouton => pour créer une base de données pour OpenMRS et terminer l'installation.

Fournissez le nom d'utilisateur par défaut admin et le mot de passe Admin123, puis cliquez sur le bouton CONNEXION. Vous devriez voir le tableau de bord OpenMRS sur l'écran suivant :

Conclusion

Toutes nos félicitations! vous avez installé avec succès OpenMRS sur Ubuntu 22.04. J'espère que cet article vous aidera à déployer OpenMRS sur un système basé sur Linux pour stocker et gérer le dossier médical électronique. Pour plus d'informations, visitez la page de documentation d'OpenMRS. N'hésitez pas à me demander si vous avez des questions.

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